Med super­computeren på jagt efter kræft

Noget af Danmarks ypperste kræftforskning foregår i et lille rum, der ligner et kollegieværelse hos en, der lige er flyttet hjemmefra. De hvide vægge er bare, hylderne næsten tomme, og der sidder utallige gule post-its på skrivebordet.

“Vi er ikke i laboratorierne, men udelukkende foran computerskærmen. Men derfor kan man alligevel godt udføre eksperimenter”, siger André Olsen og taster med fingrene i luften.

André Olsen arbejder som bioinformatiker for Kræftens Bekæmpelse på Østerbro. Bioinformatik er en hybrid af fag som biologi, datalogi, statistik og matematik med det formål at analysere blandt andet DNA og proteiner ud fra enorme datasæt. Så for André Olsen – en ung mand med fuldskæg, rød skovmandsskjorte og grønne Adidas-sko – er der ingen grund til at gå med kittel og latexhandsker i et laboratorium for at finde svarene. Tværtimod.

“I dag kan vi digitalisere alle menneskets gener. Og så står det fuldstændig til rådighed for os. Det er utroligt brugbart til analyser. Og det er utroligt kompliceret”, siger André Olsen.

“Bioinformatik kan revolutionere den eksisterende måde at tænke på. For eksempel behøver vi ikke længere at kigge blindt igennem 20.000 gener, som man gjorde før, når man skulle undersøge noget bestemt. Nu kan vi på computeren hurtigt udpege et sæt interessante gener, som forskere og laboratoriefolk kan arbejde videre med”.

Bioinformatikkens forhåbninger – og realisme
Bagerst i lokalet hænger en hvid tavle med italienske og danske gloser skrevet med fed tusch. Andrés “roomie”, som han kalder sin italienske kollega, er ved at lære ham italiensk, og André gengælder tjenesten på dansk. Afdelingen for bioinformatik består primært af unge mennesker fra otte forskellige lande. Faktisk er André Olsen en af de ældste. Han er 31 år.

Bioinformatikken er – set i forhold til biologien – et ganske nyt forskningsfelt, som for alvor tog fart i løbet af 90’erne, hvor forskere fra 23 lande arbejdede sammen om at kortlægge menneskets DNA i digital form. Størstedelen af arbejdet blev færdigt i 2001, og det skabte store forhåbninger for fremtidens sygdomsbekæmpelse. Var bioinformatikken svaret på forebyggelsen af enhver arvelig sygdom?

På det tidspunkt havde man endnu ikke forstået, hvor kompliceret menneskets arvemasse egentlig er, og potentialet virkede uudtømmeligt.

“Man havde meget høje tanker om, hvad det kunne bruges til. Og så satte man barren højt. Men det viste sig, at det var langt mere indviklet, end man havde forestillet sig. Det var også dengang, man troede, at 95 procent af vores DNA var junk. Det har så vist sige ikke at passe … selv om vi stadigvæk ikke fuldstændig forstår, hvad den del skal bruges til”, siger André Olsen.

“Derfor er bioinformatikere lidt mere ydmyge i dag. Alverdens sygdomme kan ikke bare kureres ved hjælp af bioinformatik, og det vil aldrig erstatte rent laboratoriearbejde. Men i kombination med det, vi allerede gør, har det enormt store muligheder”.

Men André Olsen er ikke bare bioinformatiker – han spiller også bas i to balkanbands, Rækværk og Supertrabant. Og på den ene side er bioinformatikken en modvægt til musikkens verden. På den anden side kan han genfinde kreativiteten i sin programmering.

“Musik er meget kreativt, og der er nærmest ikke nogen regler. Og der kan jeg mærke, at jeg får et kick ud af den der koncise måde at arbejde på i naturvidenskaben. Altså det med, at der er én sandhed”, siger han og slår håndkanten ned i håndfladen som en kniv mod et hakkebræt.

“Og så alligevel kan programmering være meget kreativt. Man skal opfinde løsninger helt fra bunden. Man går tit kreative veje. Så på den måde har jeg vel genfundet kreativiteten fra musikken”.

En tidskrævende proces
André Olsen arbejder primært med molekylet RNA – DNA’ets énstrengede fætter, som sørger for at oversætte og bygge proteiner ud fra de opskrifter, der ligger i DNA’et. Det gør han oftest ved at kigge på kræftpatienters geninformation, som er opsamlet via en blodprøve.

I digital form fylder RNA’et omkring 2-5 gigabyte. Men store dele af det kan være ubrugeligt og misvisende. Derfor har André Olsen først lavet en pipeline af software, der skal behandle de rå data, før de kan analyseres. Dataene skal renses og kvalitetssikres, så man kan arbejde med dem, og der er forskellige biologiske forstyrrelser, som man skal tage forbehold for.

For eksempel udvælger ét program de relevante dele af RNA’et, mens det næste fjerner usikkerheder og fejl, hvorefter et helt tredje program analyserer de genetiske forskelle mellem raske personer og personer med kræft. André Olsen sætter det hele i gang fra sin bærbare computer i det lille rum på Østerbro, men selve udregningen sker typisk på supercomputere rundtom i verden.

Det er den helt grove version, naturligvis, for det er langt mere kompliceret end som så, siger André Olsen.

“Det er en stejl proces. Tidskrævende. Det er to skridt frem og ét tilbage. Der er utroligt mange obstacles, der gør, at tingene pludselig ikke virker, som man troede”.

Han klør sig i skægget.

“Man skal være meget tålmodig. Jeg forestiller mig ikke, at vi bare kurerer kræft fra den ene dag til den anden. Men det giver mening, det er klart. Jo tidligere i forløbet du kan gribe ind, jo bedre er muligheden for overlevelse simpelthen”.